养猪生产系统设计及粪便收集方法存在很大差异，对动物福利和环境的影响也各不相同，根据“示范农场项目”报导。
比如说，中国的小规模猪场，典型情况下是把猪养在实地板水泥栏位当中，手工清粪，尿沿坡度从栏位流出。而对于集约化程度更高的商业性猪场，地板常采用水泥漏缝，粪尿漏下，收集到池塘，然后处理。对于全世界的养猪生产者来说，这种粪便的处理已经越来越成为一个大问题。
然而，另外还有一种系统，在这种系统当中可以在粪便离开栏位之前对其进行处理。厚垫料发酵床系统，主要在东南亚地区应用。这种系统的栏位当中包括一个传统的水泥裙边，猪可以在这里采食、休息和乘凉，另外一个“深坑”，里面填满垫料，用来吸收猪的粪便（Sheen，2005）。因此，粪便是原地处理，而粪便-垫料混合物留在栏位当中，最后再用作肥料。
研究已经显示，发酵床系统养猪的平均日增重、饲料转化效率以及仔猪存活率均相当于或高于传统的水泥地面系统（Sheen，2005；Correa，2009）。还有动物福利方面的好处 - 因为猪只有了舒适的躺卧区，所以关节损伤的比例更低（van Grvenhof等人，2011）。而且它们还获得了源源不断的可操纵材料，可以表达拱撅以及其它天然行为（Morrison等人，2007）。发酵床系统的具体形式因猪场而异，但必须包含特定的特征才能实现良好的动物福利。
实践中的发酵床系统
采用发酵床系统的猪场已经享受到它的好处
北京凤凰岭小毛驴农场
小毛驴农场从2008年12月开始养猪，他们采用的就是发酵床系统，目前每年出栏130头猪。
猪舍北墙为砖墙，南墙采用塑料膜；夏天在塑料膜上加装防晒网降温。顶棚上有天窗，用于通风，栏位与北墙之间有走道。坑深一米，地下铺碾碎的玉米秸和豆秸，上面撒锯末和稻壳。里面撒土和盐提供微量元素，通过调节添加菌种的量来调节发酵速度。每两周翻一次垫料，把过多的粪便翻到底下，每两个月将上面5-10cm全部翻一次。被动太阳能，结合发酵床产热，冬天舍温可保持冰点以上。
“猪能运动、玩耍，还能拱地，而且健康状况很好，”小毛驴农场的总经理黄先生说。“猪舍里面没有供热系统，但即使在冬天最冷的时候，舍内也能保持7-8°C.”
岳刚，北京昌平区南口
岳刚先生的农场有1,000只芦花鸡，50头母猪（每年大约出栏900头肥猪），他还种植作物、蔬菜和水果。他从2007年以来就在使用发酵床系统。
他的猪舍栏位里有一个深坑，一个水泥裙边，猪舍能养180头猪，每头肥猪两平方米。坑里垫料一半锯末一半稻壳，垫料深70cm。不时加土少许，作为额外的拱撅材料。估计锯末和稻壳的成本大约为70-80元/平米，外加10元菌种成本。每周翻一次，将粪便翻入垫料深层。
“不需要冲水，这种系统节省用水和人工，而且不会污染水体，”岳先生说。“疾病问题也几乎没有，而且我们还用猪舍里的堆肥作为肥料，施在我们的菜地和果园里，都不够用。”
